Según un estudio microbiológico llevado a cabo en EEUU, los alimentos producidos con los estándares de la agricultura biológica (orgánica o ecológica), cumpliendo estrictamente con las reglas, están virtualmente libres de contaminación por bacterias patógenas, aunque presentan un nivel más elevado de bacterias fecales que los alimentos convencionales, debido a la fertilización con estiércol.

En el estudio realizado en el estado de Minessota se recogieron 476 muestras de productos de 32 explotaciones biológicas y 129 de ocho explotaciones convencionales. Ocho explotaciones bio estaban certificadas por organismos oficiales y el resto no estaban certificadas pero declaraban seguir las prácticas de la agricultura biológica. Todas las explotaciones bio usaban estiércol como fertilizante, lo mismo que cuatro de las convencionales, que lo usaban aparte de abonos químicos. Los productos analizados fueron tomates, lechuga, pimientos, col, manzanas, fresas y otras frutas y hortalizas. Los productos no fueron lavados antes de ser analizados.

La presencia de la bacteria E.coli fue detectada en el 9,7% de los productos bio, frente a un 1,6% de los productos convencionales. Sin embargo, en los productos bio certificados, este porcentaje disminuye al 4,3%, aumentando al 11,3% en productos bio de explotaciones no certificadas. No se encontró la cepa patógena de E.coli O157:H7, pero se halló Salmonella en una lechuga y un pimiento bio de explotaciones separadas

La presencia de E.coli es mucho más significativa en explotaciones que usan estiércol poco hecho, de menos de un año, bajando significativamente si se usa estiércol más hecho. La lechuga es el producto donde la presencia de E.coli es más significativa (22% de las muestras bio).

El estudio señala la necesidad de llevar una correcta gestión del estiércol para evitar la contaminación bacteriana.