Con el fin de verificar el cumplimiento de la legislación comunitaria en materia de piensos y alimentos y de salud animal y bienestar, los Estados miembros tienen que realizar auditorías internas u ordenar la realización de auditorías externas. La Comisión Europea ha establecido las directrices para fijar los criterios que deben seguir dichas auditorias, las cuales se encuentras en la Decisión 2006/677/CE.