El Consejo y el Parlamento Europea han alcanzado un acuerdo en la propuesta de la Comisión de 2003 sobre la nueva directiva para la protección de las aguas subterráneas contra la polución. De acuerdo con ésta, los Estados miembros tendrán que controlar la calidad de las aguas subterráneas en base a criterios comunes. La Directiva introduce un régimen mixto, por un lado cumpliendo los estándares de calidad y por otro, con medidas para prevenir o limitar los contaminantes de las aguas subterráneas. Los Estados Miembro tendrán que establecer algunos estándares en el nivel apropiado, teniendo den cuenta condiciones locales y regionales.

Esta directiva está relacionada con la Directiva Marco del Agua, la Directiva Nitratos y una futura Directiva Marco del Suelo. Esta directivas constituyen un marco cuyo objetivo es mejorar la evaluación de la calidad medioambiental de las aguas subterráneas en Europa.