Según la Academia Americana de Microbiología, el futuro de los biocarburantes y las energías limpias pasa en gran medida por el conocimiento y manejo de los microorganismos, los cuales tienen un enorme potencial en todos los campos de la bioenergías, desde la producción de biocarburantes hasta la producción directa de energía eléctrica o hidrógeno.

La Academia ha publicado un informe en el que se describen los papeles que desempeñan los microorganismos es cada una de las nuevas tecnologías energéticas, incluyendo sus ventajas y desventajas sobre otros métodos, así como las dificultades de cada método de producción.

La producción microbiológica de bioenergía está actualmente en su infancia, con unos rendimientos muy bajos en todos los sistemas existentes. Sin embargo el potencial de mejora es muy alto.