En 2006, más de 350.000 personas resultaron afectadas por enfermedades zoonóticas (enfermedades transmitidas de los animales a las personas). En dicho año se redujo la incidencia de Salmonella pero aumentaron los casos de Listeria. Las infecciones de Campylobacter siguen siendo la causa del mayor número de zoonosis. Así lo ha puesto de manifiesto un informe conjunto presentado por la Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (EFSA) y el Centro Europeo de Prevención y Control de Enfermedades (ECDC). Dicho informe también ha señalado que la resistencia al antibiótico ciprofloxacina está alcanzando niveles preocupantes.

En el caso de la Salmonella, el número de casos se ha reducido en los últimos tres años, pero aún así, se mantiene como la segunda enfermedad zoonótica en la UE, con 160.649 personas infectadas en 2006 (35 casos por 100.000 habitantes). En 2005, la incidencia fue de 173.879 de casos confirmados (38 casos por 100.000 habitantes). Las infecciones por salmonella provocan diarrea, fiebre, vómitos y dolores abdominales. La mayoría de las infecciones tienen su origen en huevos, carne de pollo, carne de cerdo, e incluso en hierbas y especias. Como media, el 5,6% de las muestras de carne cruda de pollo está infectada con esta bacteria y en algunos casos, los niveles de muestras positivas llegan al 67,6%.

El número de caso de listeriosis humana ha aumentado en un 8,6% en 2006 en relación con el año 2005. Mientras que en la UE, el número de casos en 2005 fue de 1.427, en 2006 ascendió a 1.583. El número de casos por 100.000 habitantes ha aumentado en un 59% en los últimos 5 años. Aunque los casos de Listeria son muchos menos que los de Campylobacter y Salmonella, tienen una mortalidad más elevada, afectando fundamentalmente a las personas mayores (el 56% de los casos eran personas de mas de 65 años). También afectan a las embarazadas, causando daños en los fetos. El origen mayoritario de infecciones es la comida preparada, como quesos, pescados y productos cárnicos.

En cuanto al Campylobacter, el número de infecciones en 2006 ascendió a 175.000, lo que supuso 46 casos por cada 100.000 habitantes. Esta cifra es inferior a la de 2005, cuando el número de casos ascendió a 195.426 (52 casos por 100.000 habitantes). La mayor ruta de infección del Campylobacter es la carne cruda de pollo. Como media, el 35% de las muestras analizadas en la UE resultaron positivas, llegando en algunos casos a un 66,3%. En los casos humanos se registró unos elevados niveles de resistencia a la ciprofloxacina en 2006 (hasta un 45%). Este medicamento es de uso común en las infecciones severas de Campylobacter . Esta resistencia también es común en Campylobacter de carne pollo, y pollo, cerdos y vacunos vivos.