Varios son los países de la UE que en los últimos años han conseguido derogaciones de la directiva nitratos, para ciertas zonas de su territorio o para determinado tipo de explotaciones.

En enero de 2008, Bélgica ha conseguido una exención para la provincia de Flandes, que consiste en que se podrá autorizar la aplicación de hasta 250 kg de nitrógeno de estiércol, por hectárea y año (frente a los 170 kg/ha que fija la directiva nitratos), en parcelas dedicadas a prados y al cultivo de maíz entresembrado con prados. También se podrá autorizar la aplicación de hasta 200 kg de nitrógeno/ha y año, en parcelas dedicadas al cultivo de trigo de invierno, seguido de un cultivo intermedio, y de remolacha. Esta exención expirará el 31 de diciembre de 2010.

En octubre de 2007, Irlanda del Norte consiguió otra derogación de la directiva, mediante la que se permitía la aplicación de hasta 250 kg de nitrógeno por ha y año si el 80% de la explotación era de pastos.

En enero de 2007, la Comisión Europea aceptó que en Alemania se pudiera aplicar 230 kg de nitrógeno/ha y año en prados intensivos de explotaciones específicas. Hasta derogación se aplicará hasta 2009.

En noviembre de 2006, a Irlanda se le permitió aplicar 250 kg/ha en explotaciones con tierras de pastos, que cumplan ciertas condiciones.

En marzo de 2006, Austria consiguió poder aplicar hasta 230 kg/ha en las explotaciones de ganado vacuno que contaran con, al menos, un 70 % de prados, cultivos herbáceos intermedios o remolachas o con otros cultivos intercalados con cultivos de hierba, con un bajo potencial de lixiviación de los nitratos.

A finales del 2005, Países Bajos consiguió la aplicación de 250 kg de nitrógeno/ha y año, en explotaciones con un mínimo del 70 % de pastos. Esta derogación durará hasta el 31 de diciembre de 2009.

También Dinamarca ha conseguido una exención de la directiva que se aplica, con carácter retroactivo, desde el pasado 2 de agosto de 2004 hasta el próximo 31 de julio de 2008. Dicha exención supone que en las explotaciones de vacuno lechero, la cantidad de estiércol que se aplique, incluyendo el de los propios animales no supere los 230 kg de nitrógeno por ha y año.