La Comisión Europea ha pedido oficialmente a España que aplique correctamente la Directiva 2009/28/CE, relativa al fomento del uso de energía procedente de fuentes renovables, en particular por lo que respecta a los biocarburantes. La Directiva contiene disposiciones fundamentales para alcanzar una cuota del 20 % de dicha energía en el consumo energético final y disminuir en un 20 % las emisiones de gases de efecto invernadero de aquí a 2020, respecto a los valores de 1990.

También fija objetivos nacionales en relación con la cuota de energía procedente de fuentes renovables en el consumo final de energía de cada Estado miembro y para alcanzar la cuota del 10 % energía procedente de fuentes renovables en el transporte. Para alcanzar estos objetivos puede recurrirse a biocarburantes, que tienen que cumplir determinados criterios de sostenibilidad: no pueden proceder de zonas con un alto valor en cuanto a la biodiversidad, como las protegidas, ni de zonas que contienen grandes reservas de carbono (zonas forestales o turberas); también tienen que reducir las emisiones de gases de efecto invernadero de modo significativamente mayor que los combustibles fósiles.

Contrariamente a lo dispuesto en la Directiva, la legislación española suspende la aplicación de los criterios de sostenibilidad en España para alcanzar el objetivo en el transporte. Además, la legislación española trata los biocarburantes sostenibles y las materias primas de diversos orígenes geográficos de distinto modo, lo que no está justificado. La Comisión ha abordado problemas similares en procedimientos por incumplimiento contra Polonia y Portugal.