No existen pruebas científicas para determinar si un producto es ecológico, por lo tanto, para garantizar a los consumidores que los productos ecológicos que compran lo son realmente, es esencial un sistema de control sólido que abarque toda la cadena de suministro.

El Tribunal de Cuentas Europeo hizo un seguimiento de su anterior informe de 2012 y evaluó el sistema de control de la UE. Constató que éste ha mejorado y que en general, se han aplicado sus anteriores recomendaciones. Los Estados miembros auditados previamente han tomado medidas para mejorar sus sistemas de control, la Comisión ha reanudado sus propias visitas de control y ahora ha visitado la mayoría de los Estados miembros.

Sin embargo, siguen existiendo algunas insuficiencias: la aplicación de medidas de ejecución para sancionar los casos de incumplimiento no se ha armonizado en toda la Unión, y las autoridades y órganos de control de los Estados miembros a veces han sido lentos en la comunicación de tales casos.