Las opciones de tratamiento para algunas de las infecciones más comúnmente transmitidas por los alimentos están disminuyendo, debido a que las bacterias patógenas continúan mostrando resistencia a los antimicrobianos, según un informe EFSA-ECDC sobre la resistencia a los antimicrobianos (RAM) en bacterias zoonóticas e indicadoras de seres humanos, animales y alimentos, que analiza los datos de 2013. Por ejemplo, aislados de Salmonella a múltiples medicamentos continúan propagándose por el mundo. Además, se han detectado aislados a Campylobacter con alta resistencia a ciprofloxacina en varios estados miembro. Por el contrario, co-resistencia a antimicrobianos críticos sigue siendo baja.

El informe recoge que la resistencia en Salmonella a antimicrobianos comúnmente usados fue detectada con frecuencia en hombres y animales (especialmente pollos de engorde y pavos) y productos cárnicos derivados. La resistencia a múltiples fármacos fue alta (31,8% en los seres humanos, en pollos de engorde 56,0%, en pavos 73,0%, y en cerdos de engorde 37,9%),

También se detectó con frecuencia la resistencia a los antimicrobianos de uso común en Campylobacter en humanos y los animales (especialmente los pollos de engorde, cerdos y ganado vacuno). En los alimentos, se detectó resistencia en la carne de pollo. La resistencia a la ciprofloxacina, un antimicrobiano de importancia crítica, fue particularmente alta en los seres humanos (lo que significa que las opciones de tratamiento para las infecciones graves con estas bacterias zoonóticas se reducen). En Campylobacter jejuni más de la mitad de las dos cepas humanas y de engorde (54,6% y 54,5% respectivamente) fueron resistentes, junto a un 35,8% en el ganado. En C. coli dos terceras partes de los seres humanos y los aislados de pollos de engorde (66,6% y 68,8%, respectivamente) fueron resistentes junto con 31,1% de cerdo aislados.

Los niveles de co-resistencia a antimicrobianos de importancia crítica en Salmonella fueron bajos (en humanos 0,2%, en pollos de engorde 0,3%, y en los cerdos de engorde y en pavos 0%) no había ninguno). Los niveles de resistencia a múltiples fármacos y co-resistencia en aislados de Campylobacter para antimicrobianos importantes se registraron en general en niveles bajos a moderados en los animales (en C. jejuni aislados de pollos de engorde y ganado 0,5% y 1,1%, respectivamente, en C. coli aisladas de pollos de engorde y cerdos de engorde 12,3% y 19,5%, respectivamente) y en niveles bajos en los seres humanos (1,7% en C. jejuni y el 4,1% en C. coli ).