Según un trabajo presentado por investigadores de Monsanto en la reunión anual de la American Chemical Society, las nuevas variedades de maíz Bt protegido contra plagas son aún menos susceptibles de contener micotoxinas, tanto en comparación con las convencionales como con las variedades Bt existentes hasta ahora, mostrando menores daños y menor contenido de aflatoxinas.

Las micotoxinas son producidas de forma natural en cereales oleaginosas y frutos secos por algunos hongos y suponen en muchos casos un grave problema de seguridad alimentaria, al ser substancias muy cancerígenas en pequeñas cantidades y poder provocar muerte por una intoxicación aguda. La presencia de aflatoxinas es un problema especialmente importante en los países africanos, donde existe un importante consumo humano directo de maíz, condiciones de humedad que favorecen a los hongos y una menor protección sanitaria y fitosanitaria.

Las esporas de los hongos que producen las micotoxinas penetran en los granos por los agujeros que causan los insectos que son plaga, razón por lo que existe una estrecha relación entre protección contra insectos y presencia de aflatoxinas.
Las variedades de maíz Bt incluyen protección contra plagas principales del cultivo; como el taladro en las primeras variedades y también el crisomélido del maíz en las más avanzadas. Sin embargo ya existe una nueva generación aun pendiente de aprobación, que incluye además protección frente a otros insectos que sin ser plagas tan importantes como las anteriores, están más relacionados con la presencia de aflatoxinas como la palomilla del maíz (fall armyworm, Spodoptera frugiperda).