Según un estudio de la Universidad de Minessota, en el que se han analizado todos los costes y beneficios energéticos y medioambientales de todo el ciclo de producción de biocarburantes; la producción de biodiesel con soja tiene mucho menor impacto medioambiental y un mayor rendimiento neto de energía que la de bioetanol de maíz.

Actualmente, el bioetanol de maíz produce un 25% más de la energía que se consume en el ciclo completo de su producción, mientras que el biodiesel de soja un 93% más. En cuanto al impacto medioambiental, la producción de biodiesel de soja produce un 41% menos de emisiones de gases de efecto invernadero que el diesel convencional, mientras que el bioetanol solo un 12% menos que la gasolina convencional. Además el biodiesel de soja tiene un aspecto medioambiental positivo adicional por requerir menos fertilizantes y pesticidas.

El estudio advierte, no obstante, que ni uno ni otro biocarburante tiene capacidad de reemplazar a los combustibles fósiles de forma importante, ya que incluso en el impensable caso de que toda la producción de soja y maíz de EEUU se dedicara a biocarburante, solo se cubriría un 12% de la demanda de gasolina y un 6% de la de gasóleo.