Según un estudio realizado en Portugal, no se ha detectado problema alguno de alergias por el consumo de variedades de soja y maíz obtenidas mediante ingeniería genética (OMG). El estudio se ha realizado insertando muestras de granos OMG bajo la piel de de adultos y niños propensos a alergias, y con tres tipos de maíz Bt tolerante a plagas y uno de soja tolerante a herbicida aprobados en la UE y ha sido publicado en Journal of Allergy & Clinical Immunology.

La hipótesis de posibles alergias alimentarias a determinadas personas causadas por los OMG es una de las principales objeciones a su consumo. Sin embargo, hasta la fecha no se han detectado diferencias entre variedades OMG y convencionales en cuanto a esta posibilidad.